ב־7 בפברואר 2013 אושפז קראוס במרכז הרפואי איכילוב בתל אביב במצב קשה בשל שפעת החזירים. מצבו החמיר עוד בהיותו בבית החולים, והוא לקה בדום לב. לאחר עשרה ימים נפטר והובא למנוחות בבית העלמין ירקון ביום שלמחרת.
לאחר מותו של קראוס לא פסקה הפעילות סביב שיריו. קצרות לאחר מותו נערך מופע לזכרו בבית היוצר שבנמל תל אביב. דורי בן זאב הנחה והעביר בשידור חי לתחנת הרדיו 88 FM. בזה אחר זה כ-30 אמנים, ביניהם אוהד חיטמן, סיון טלמור, קובי אשרת, אלון עדר ואביגיל רוז, שירה פרבר ומאיה בלזיצמן, ערן צור, שלמה בר, להקקת אבטיפוס, איפה הילד, אדם גורליצקי, אליוט (שרון בן עזר), נמרוד לב, קובי רכט, בועז בנאי, שרון מולדאבי ואחרים.
בספטמבר 2013 הפיק סולו יורמן את המופע "רואים שקוף" עם הרכב על שכלל כמה מהכוחות הבולטים במוזיקה הישראלית: טל גורדון, אבי בללי, דודי לוי, איגי דיין ודניאל סלומון שאותו החליף מאוחר יותר שאול בסר. בכורה נערכה בסטיבל ראשון לציון והתקבלה בהתלהבות. בהופעות הפסטיבל הצטרפו להרכב, כמחווה מיוחדת, שלמה גרוניך, קרולינה ועלמה זהר.
משם המשיך הרכב העל להופיע בכל רחבי הארץ, ולקראת יום השנה הראשון למותו, בפברואר 2014, הגיעו למועדון הבארבי. המופע המופע המשיך לעלות על הבמות עד 2015.
בפברואר 2014 נערכה הקרנת בכורה של הסרט התיעודי מאחורי עינים כחולות בסינמטק תל אביב.
ב-2 ביוני 2017 נערך טקסט הסרת הלוט מעל שלט ההנחה, שהציבה עיריית תל אביב לצד ביתו של קראוס ברחוב טרומפלדוור 14, בנוכחות נציגי העירייה, בני משפחה וחברים.
יענקל'ה רוטבליט, שתמיד ידע לשים מילים במקומן הנכון, סיכם בכמה משפטים קצרים את יצירתו של קראוס ואת תמציתה:
הוא כתב מנגינות שנוגעות בנשמה, וחש להן התכונה הזאת, שהן עוברות מדור לדור. כמו ניגונים, כמו תפילות. אתה לא יודע מי המחבר שלהן. יש תפילה שעוברת מדור לדור בבית הכנסת. מי זוכר מי כתב אותה? הרבי ההוא או הרבי הזה. זה לא חשוב נגזר על המת שיישכח מלב. למי יש בכלל יומרה שיזכרו אותו בעוד חמישים שנה.
לקראת השנה החמישית למותו עדיין זוכרים את שמוליק קראוס ולחנין מהדהדים על הבמות. במקומות שונים בארץ מוצגת הצגת הילדים, "פרח נתתי לנורית", שהמחיז וביים שי להב. ניצה שאול מעלה את "אצו רצו השירים" – שני מופעים המוקדשים לשיריה של מרים ילן-שטקליס בליווי לחניו של קראוס. הקאמרי מעלה את המחזמר "פשוט לאהוב" על תל אביב בשלהי שנות ה-60 וראשית שנות ה-70, המכיל רבים משיריו. אביב גפן מפציע בערב משיריו בזאפה תל אביב יחד עם אביתר בנאי ושלומי שבן. קפה ביאליק מארח את ג'קי ממן ולהקתו ובסינמטקים ברחבי הארץ מוצג סרטו התיעוד של עדי הראל "מאחורי עינים כחולות".
בשת 2018 העלה התיאטרון הקאמרי אירוע מיוחד לציון חמש שנים למותו של קראוס.
זוהי גם השנה שבה מלאו 50 שנה ל"חלונות הגבוהים". גלי צה"ל יצאו במחווה מיוחדת ופנו לקבוצה מובילה של אמנים, שהקליטו גרסאות משלהם לכל שירי החלונות, ואלה אף יצאו לאור בתקליטור ביוזמת חברת הליקון. האירוע עצמו צוין במחוות ובהופעות שונות ברחבי הארץ.
יעל קראוס שלומי שבן ואסף אמדורסקי מחדשים את שירי החלונות הגבוהים.
צילום מקור: אלונה איינשטיין. צילום מחודש מיכאל טופיול.
עצוב מקור: גילה שקין. עיצוב מחודש: Studio etc
הפקת המופע: המון ווליום, יעל מרגלית
איך הגלגל מסתובב – מופע מחווה לשירי שמוליק קראוס בניהולו המוזיקלי של אילן וירצברג.
גילי אימר, אליה סממה, אבי ברק , ארז זינגר, אילן וירצברג, אסף פרישמן. מועדון הגריי יהוד.
הרקיע השביעי הפקות, בניהולו של גיל אימר.
